后金对漠南蒙古一边施恩一边动武，到了这个时候，哲里木盟这一带的人纷纷都来归顺了。清朝入关以前，后金靠着联姻拉拢、加上武力镇压这几招，慢慢就把这片地方的大权攥住了，还摸索出了盟旗这种管用的管理办法，把这大大小小的部落都给管顺了。内札萨克蒙古的东三盟就是在这时候建立的，定下了外藩札萨克旗的那一套规矩。嫩科尔沁部带着扎赉特、杜尔伯特还有郭尔罗斯这几支队伍，这就跟着后金混了，后来的哲里木盟也就是这么来的。 皇太极当了大汗以后，还是照他爹那套法子来，拿拳头当后台，趁机挑唆林丹汗不得人心的毛病，硬是把周围的各部给拉过来归附了。天聪十一年十月，皇太极找了个借口说要跟明朝讲和，顺便把边境的哨兵给收拾了，转头就带兵去打内喀尔喀的五个部落。林丹汗这时候不但不来帮忙，还趁火打劫抢东西，结果害得内喀尔喀那边打了败仗，只好往科尔沁境内躲难。紧接着扎鲁特和巴林这两支队伍，也在天聪二年（1628年）投降了。 内喀尔喀被打垮后，敖汉和奈曼这两支队伍也夹在中间没办法，最后被皇太极劝诱着在天聪元年五月东迁到辽河一带归顺了。没了敖汉和奈曼做掩护，林丹汗觉得后金的大军马上就要压过来了，赶紧带着察哈尔主力往西跑想躲一躲，顺便再重新把漠南右翼那块地盘给夺回来。 天聪二年九月，林丹汗在挨不哈打了胜仗，把土默特、喀喇沁、鄂尔多斯三路人马凑起来的三万联军给打垮了，占了漠南右翼的大片地方。跟林丹汗这种杀人放火不一样的是皇太极的招抚手段。他把那些逃难的部落安顿好、给足了好处，在蒙古各部里的威望也就更高了。 天聪四年的时候，阿鲁科尔沁部离开漠北后来到西拉木伦河流域住下，正式归顺了后金。到了天聪五年，喀喇沁部的毕拉式汗、布颜台吉、苏布地塔布囊这些贵族头子，还有东土默特的鄂木布楚琥尔洪台吉也都陆续来了投靠皇太极。好多部落都被编入八旗或者安置在辽西那边住下了，慢慢就成了昭乌达盟那些旗的样子。 天聪六年原来跟着林丹汗的翁牛特部因为受不了他的虐待，在逊杜棱和栋岱青这两位头领的带领下也向皇太极称臣了。到这会儿为止，组成昭乌达盟的那些蒙古部落基本上都归顺到了后金的名下。 天聪八年林丹汗为了不被后金和蒙古联军一起收拾，带着队伍往西跑到了青藏地区最后病死于甘肃的大草滩。林丹汗一死他的儿子和部众全来投降了，也成了后金的一部分。 天聪十年四月皇太极在盛京称帝改成了“清”国。这时候漠南十六部的四十九位台吉都跑来看他还送上了“博格达彻辰汗”的尊号，算是承认皇太极为蒙古人的大家长了。