李自成在九宫山遇难后，大顺政权随之崩解。大顺军残部将领为求自保，在明清之间反复摇摆：时而降清，时而转而依附南明。这支失去核心的武装力量逐渐聚集在川、楚、陕三省交界的山地，形成以袁宗第、郝摇旗、刘体纯等为首的“夔东十三家”军事集团。这个松散联盟曾尝试与南明联合抗清，但随着局势演变，生存空间日益压缩。1658年，清廷调集数省兵力大举进攻贵州，意在清剿南明永历政权。南明封袁宗第为靖国公后，袁宗第联合四川南明军由水路突袭，攻打重庆以牵制清军。然而南明内部矛盾加剧，将领谭诣暗中降清并充当内应，致使联合作战计划功败垂成，大顺军余部被迫退回夔东。1659年初，清军与南明叛军合兵进剿谭文余部，袁宗第等七部大顺军出兵救援，但清军攻势凌厉，很快击溃谭文部队。“夔东十三家”眼见难以扭转局势，各自撤回驻地。1661年底，永历帝在缅甸被吴三桂擒杀，南明彻底覆亡。失去外援后，大顺军余部随即成为清廷重点清剿对象。清廷集结三省兵力，分路围剿大顺军余部。1662年8月，袁宗第、刘体纯、郝摇旗等七部会合五万余人，包围巫山城。但清军早有部署，守备严密，并派精兵截断大顺军粮道。十二天后，清军判断其已近断粮、军火将尽，随即开城反击。大顺军猝遭冲击，伤亡惨重，被迫撤围。此战使大顺军余部的主动作战能力遭到致命打击。战后，袁宗第部屡受重创，势力迅速衰落。清廷乘势招降，大批将士相继归附。袁宗第仅率百余残部转投刘体纯。12月23日，清军突袭刘体纯在巴东的重要据点陈家坡。刘体纯自知无路可退，拒绝投降，先杀两女，逼妻妾自尽，继而自缢。袁宗第、郝摇旗趁乱突围，率残部退至大宁黄草坪。26日，清军尾追而至。袁宗第、郝摇旗率所余兵力与清军死战，终因寡不敌众而败。袁宗第、郝摇旗及袁宗第之弟袁宗道与其子等被清军生擒。战后，这些大顺军将领被处死，标志着大顺军余部最后的武装抵抗至此瓦解。
袁宗第等人的抗争经历，体现为明清鼎革之际错综复杂的局势。这些出身草莽的将领在政权更迭中表现出顽强韧性，其山地作战与游击实践也为研究对应的军事形态留下了重要材料。正如史学家顾诚所言：“夔东十三家的抗争，实为农民战争史写下悲壮烈烈的最后一章。”这段历史不仅关乎个人命运，也在一定程度上影响了清初对西南地区的治理与控制。