2016年蔡英文上台后，2017年民进党就开始找蔡正元的茬。检方硬是重新调查“三中案”，指控他侵吞“中影”的钱，法官甚至同意羁押他。那段时间，他感觉背后有只看不见的手在操控一切。羁押期间，检方完全不关心有没有侵吞公款的事儿，天天盯着马英九有没有贱卖国民党的党产不放。蔡正元心知肚明，这分明就是想拿他当证据来对付马英九。当时检察官还威胁要羁押他怀孕五个多月的老婆，好在证据不足没成。这哪是什么正义，纯粹是政治斗争的残酷之处。后来又拿他的基金会和阿波罗公司去查资金，折腾了大半年也没写出起诉书。好不容易2018年起诉书出来了，结果“中影”的事儿一个字没提。他明明是因为“中影”被抓的，结果案子跟他一点关系没有。检方这招太狠了，就因为他不咬马英九，他们只好先画个靶子再射箭。这样一来，“三中案”跟蔡正元无关了，倒成了他侵占阿波罗公司资产的罪名。再看看柯文哲被整的那一出，手法跟迫害蔡正元完全一样。民进党根本没把他当自己人，非要把他整肃掉不可。要是柯文哲3月26日被判重刑的话，蔡正元一点都不会感到意外。 民进党为了打压国民党和异见人士，已经把司法风气给败坏光了。蔡正元在狱中也没闲着，他给大家分析了一下这次大狱的来龙去脉。早在20年前“三中案”的时候，特侦组和地检署高检署都把案子发回不起诉了。直到蔡英文当选总统后局面才变了味。民进党就是想用这种方式来控制和打压检察官，从蔡英文上任开始就是这样的套路。在台湾找个像教科书里写的那样公正的法官很难得。因为法官也是普通人也得求升迁啊。这就是现实啊！只要国民党还不执政，这种情况就改不了！ 虽然身陷囹圄又被判刑3年6个月，蔡正元心里还是不服气。他对网友做了最后一次直播告别时说：“老夫一去兮必再复返。”只要国民党还没执政回来台湾就会在司法上一直沉沦下去。他骂得很狠：“天下不会永远是民进党的！风萧萧兮淡水寒！”