虽说现在做蛋白组学的人越来越多，但其实从拿样本到把数据弄上去，中间的门道不少。咱们前面聊过了蛋白组能干啥、有啥用，现在说说怎么动手去做。跟搞转录组比起来，蛋白组的前处理那是相当麻烦，因为蛋白可不像RNA能靠PCR扩增，样本质量直接决定了能不能跑通数据。不管是要拿去测哪些病的标志分子，还是研究庄稼咋抗冻，应用范围确实广得很，甚至现在已经开始和转录组搞起了联动。不过因为没有PCR这台“放大器”，蛋白质要是降解了那就回不来了。 拿个样容易，但这中间坑多得很：取样部位、时间能不能统一？这都得操心；东西越新鲜越好，别想着用RNAlater或者加Trizol来存，这两样都会让蛋白变质。最好直接扔液氮里冻起来。而且生物学重复得准备3个以上才行。要是你以前就做过转录组，刚转来搞蛋白组的话，送样那天脑袋里肯定全是问号：样品够不够？要不要加蛋白酶抑制剂？怎么检测和定量？这些都是决定成败的大问题。 先说说怎么取样本：① 取材部位、时间和处理手法尽量保持一致；② 动作要快，分开以后赶紧扔到4℃里待会儿，再放进液氮或者-80℃冰箱里冻着；③ 生物学重复别少于3个；④ 记得提前跟检测公司沟通好处理方案，看看会不会有风险。 接下来谈谈“去除高丰度蛋白”这事儿。像血浆里的免疫球蛋白、牛奶里的酪蛋白这类含量特高的蛋白质就得去掉。为啥呢？首先是怕它们太亮眼，盖住了那些低丰度的目标信号；其次是怕堵仪器。市面上的试剂盒主要有免疫亲和法、染料亲和法这些。磁珠富集虽然常见，但有时候会把样本自身的高丰度蛋白也顺带弄没了。这类试剂盒多是人用和鼠用的。另外要注意用EDTA抗凝剂来处理血清血浆这种样本。 做鉴定和定量的时候也有讲究。选数据库的话，如果有基因组就直接用那个物种的；要是没基因组就只能靠转录组数据来建库了。定量方法主要分两种：一种是标记法（比如TMT），另一种是非标记法（像DIA、direct-DIA）。目前咱们更推荐direct-DIA，因为在同等条件下它能检测到DIA的90%蛋白质量。 至于质谱仪的选择通常有常规型和空间型之分。像timsTOF Pro2、timsTOF HT、Astral这些属于常规仪器；要是做空间蛋白组分析的话，timsTOF HT、Astral和timsTOF Ultra就更适合了。