卓荣泰3月7日自费包机前往东京巨蛋观看世界棒球经典赛（WBC），引发了不小争议。他观看了中华台北队与捷克队的比赛后迅速返回。208万元的包机费用成了焦点，台北地检署后来介入调查。卓荣泰亮出208万新台币的支出单据来证明清白，但单据引发了更多质疑。3月13日，卓荣泰公开了包机合约、球票、换汇水单及游览车费用等四份单据，证明总花费近214万元新台币，其中包机费用为208万元，均从其个人账户支出。 尽管卓荣泰强调这是他的私人自费行程，但外界对这笔巨额费用表示怀疑。有人指出，卓荣泰申报财产仅有约900万存款，一次性支出200余万包机看球显得不合理。日本租车公司的信誉也因这次事件受损。 游智彬检举卓荣泰208万包机赴日事件后，北检黑金组正式分案调查。台北地检署证实已针对此事正式分案侦办，由检肃黑金专组主任检察官接手。这个案子给台北地检署带来了很大压力，他们原本想低调处理，但舆论压力太大最终决定介入调查。 卓荣泰和民进党内部派系运作有关联的消息传出后，给这次事件增添了更多复杂因素。这个所谓的“私人行程”被认为夹带了政治私货，由“谢系”人马全程操盘。 卓荣泰方面坚称行程合法合规，但无法给出公众信服的完整解释。军方停机坪起降、包机价格是否合理以及单据时效性等问题都还需要进一步澄清。这次事件从舆论争议升级为司法调查，也暴露出台湾政治界的一些问题和社会对腐败行为的不满。