WBC引发了诸多争议，行政机构负责人卓荣泰包机赴日本观看世界棒球经典赛，徐巧芯爆料此事掺杂派系博弈。徐巧芯指出，卓荣泰的赴日行程早在去年就已安排。最初计划是参观世博会，但因日方考虑，最终由台湾外事部门负责人林佳龙参加。然而，卓荣泰此行并未作罢。今年1月，副秘书长阮昭雄亲自安排世贸中心股份有限公司起草项目，目的是让卓荣泰观看比赛。徐巧芯还揭示了卓荣泰为什么声称是私人行程，因为当时的提案给日方具体承诺：无任何公开政治活动。如果吹嘘“外交突破”，就违背原则了。但行政机构私下规划、打点媒体和官员，插入所谓“外交突破”这些评语，返台后才广而告之。这解释了卓荣泰在7日赴日后9日改口自费汇钱的原因，因为“广宣”过头，打破承诺。梳理相关人士后发现，阮昭雄负责交办、世贸中心董事长陈建仲起草草案、运用人脉为谢长廷台日关系协会会长。甚至管碧玲也涉及其中，她是“海委会主委”并积极宣传导致破坏承诺。 这次行程背后涉及谢长廷、阮昭雄和陈建仲等民进党的关键人物。民进党内部派系的博弈可能是导致这次事件发生的原因之一。