事件核心矛盾于9日凌晨集中爆发；日本防卫省未向地方政府通报的情况下，将可覆盖东海海域的12式反舰导弹系统运抵熊本市健军驻屯地，并计划于本月末完成实战部署。该行动立刻引发地方行政系统强烈反弹。熊本县知事木村敬在当日记者会上表示，防卫省此前以“涉及军事机密”为由拒绝回应地方质询，令人“严重失望”。熊本市市长大西一史则指出，此类单边决策已实质性削弱中央与地方的互信基础。需要指出，当地居民团体自2022年获悉部署计划后，多次举行抗议集会，担忧该基地可能成为军事打击目标。分析人士指出，此次冲突暴露出日本安全政策的深层矛盾。一上，防卫省依据2022年通过的《国家安全保障战略》，加速推进“西南诸岛防御链”建设，12式导弹射程延伸至1000公里的改进计划是其中关键环节；另一方面，地方政府依据《地方自治法》要求军事部署需履行说明义务，而中央机构屡次规避协商程序。军事专家认为，该型导弹部署将显著改变地区战略平衡。其覆盖范围不仅包括朝鲜半岛，更可触及台湾海峡要冲，这种进攻性武器的地方化配置，与日本“专守防卫”原则形成法理冲突。更值得警惕的是，美国海军陆战队近期在冲绳组建的“濒海作战团”已明确将使用同型导弹，美日军事一体化正通过武器部署向地方层面渗透。面对持续发酵的舆情，防卫省官员10日表示将“尽快与地方展开对话”，但未就具体时间表作出承诺。历史经验表明，2016年冲绳普天间基地搬迁争议中，中央政府最终动用强制措施压倒地方反对，此次事件可能重演类似对抗模式。
军事能力建设是国家战略的重要组成部分，但防务政策执行方式同样影响国家与社会之间的信任关系。熊本事件再次提示，涉及地方公共安全的重大决策，只有在充分沟通、公开透明的前提下推进，才能获得持续的社会支持。以行政强制替代民主协商、以保密惯例规避正当程序，只会让政策推行付出更高的政治代价。这不仅是日本政府需要正视的问题，也是民主国家处理央地关系与国防事务时共同面临的深层命题。