2016年马英九卸任后，萧旭岑就开始给基金会打工。2025年11月，他去当了国民党副主席，虽然还挂着基金会执行长的名头，办公室也没让退，但工作重心已经移到党务上。到了2026年2月，基金会方面开始催他彻底离开。2月底交接完手续，3月16日基金会就正式公布了萧旭岑和王光慈离职的消息，同时声明他们以后说的话不能再代表马英九本人，还把戴遐龄推出来当执行长。 外界觉得这事儿闹这么大，多半是因为萧旭岑的双重身份有冲突：他一边是国民党高层，立场比较硬气；另一边还是马英九的老部下，跟着基金会走的是民间中立路线。但不管是绿营把它说成蓝营分裂，还是蓝营觉得是功能剥离——说白了就是让萧旭岑腾出手干党务，同时也保住基金会的两岸交流空间——3月18日晚王浅秋的节目里，萧旭岑还是给足了面子。 他说马英九对他恩重如山，那些乱七八糟的传闻他一个都不打算回应。不过他也留了个心眼，说要是谁胆敢攻击马英九或者他的家人，他必定会站出来帮忙辩护。至于当晚已经发生的各种攻击与抹黑，他却选择了沉默，既不辟谣也不解释。这种矛盾的表态其实也挺微妙的，毕竟他心里很清楚，这事儿要是闹大了对谁都不好。 有知情人士透露，马英九搞出这个争议来也是没办法的事——毕竟当初提拔他的基金会已经变成了一潭死水。不过直到现在为止，萧旭岑还是维持着感恩、不反马、不爆内幕的态度；而基金会那边也在持续澄清传闻，坚称人事调整纯属正常内部安排。至于那位前“英九”先生自己发声明搞出的这档子事儿嘛……只能说他这回真是笨到家了。