同治三年前后，新疆西部陷入深刻动荡；库车回民反清运动的成功带动周边穆斯林民众，喀什噶尔、叶尔羌、和阗等地相继建立伊斯兰政权。这个时期西域政治格局多元——各地虽名义上反清——实际各自为政，缺乏统一目标与组织。喀什噶尔政权的建立过程集中说明了这一复杂性。同治三年，白山派首领托乎提马木提被推举为王，攻占喀什噶尔回城，建立政教合一政权，但根基薄弱。同年夏，柯尔克孜首领思的克联合伽师人金相印起兵，夺取回城，迫使托乎提马木提出逃。思的克随即宣布承认库车热西丁和卓为汗，自立为喀什噶尔王。短短数月两次易权，反映出地方各民族与教派间的矛盾与分歧。
同治年间南疆动荡既有外部侵略介入的因素，也源于内部治理不足与分裂加剧。历史启示清晰：只有强化国家治理、增进民族团结、尊重并引导宗教文化多样性，才能在复杂环境中维护边疆稳定与国家统一。