在中国海军潜艇发展的历史长河里，1972年11月这个时间节点极为关键。当时，海军论证部明确提出了一个电力驱动的新构想，这成为了后来039型潜艇传动系统的原始依据。与之前的老式潜艇不同，老式潜艇在水面或通气管状态下用柴油机驱动螺旋桨，水下时传动系统断开，直接由蓄电池供电给电机。这种方式结构简单，但不适合长时间潜航。而全球先进常规潜艇的趋势是电力传动，不管是水面还是水下航行都由电机带动螺旋桨。柴油机只用于发电。039型是中国第一款完全采用这种纯电力驱动的常规潜艇。最初039型要求驱动发电机的柴油机功率为2205kW，水下工况时1764kW，且需要高速机。基于240型机车柴油机进行改造的想法被提出过，但最终因协调问题未能实现。1979年，海军再次开始主机选型论证。1981年11月四O八厂的会议讨论了基于法国引进的12PA6型柴油机进行修改的方案，决定用机械增压替代原来的废气涡轮增压。1982年1月，六机部决定由四O八厂和七一一所分别进行研究和试制。结果发现技术难度大且外形不理想，只能再次论证。直到1986年才定下了首制艇用西德的MTU396SB83型柴油机。此时六一六厂已引进了该技术（北方工业公司于1984年从德国引进MTU396系列的专利制造权），所以后续艇改用六一六厂制造的引进机。039型配备了三台MTU 16V 396 SB83柴油机，每台功率1350KW，重量1800kg，安装在弹性基座上以降低噪音震动。据说之后还在陕西柴油机厂实现了国产化。3台柴油机的设计大幅提高了动力冗余度和生存能力。在推进系统发电机方面，90年代初期马伟明团队花了五年多时间攻克了德国进口12相整流发电机的固有震荡问题并取得了世界专利。这项技术关键在于稳定性预测等领域的突破并获得2000年度国家科技进步一等奖第一名。西门子还向中国购买了这项电机稳定的专利。039首舰下水时展示了单轴大侧斜七叶片螺旋桨和十字舵面等设计特色与西方潜艇相似也是第一种采用此类布局的中国常规潜艇。相比035型的5叶桨它噪音更低振动更小效率更高是现代潜艇标配之一大幅提升了安静性。