虽然为了巩固政权，秦始皇给非秦国的史书都烧了，但这次焚书坑儒并非全部彻底销毁。一些人偷偷把书藏了起来，保留了一些典籍。伏生就把珍贵的文献藏在了自己的洞穴里，这就为汉代后来重见天日埋下了伏笔。不过坑儒这件事就有点让人摸不着头脑，学界一直争论不休。虽然有人认为是秦始皇下令坑杀了四百余人、二百四十余人甚至七百余人的儒生，还有些人觉得这根本就是设下的陷阱来诱杀反对者。 秦始皇焚书坑儒的目的是为了愚弄百姓，把自己的王朝给保住。结果不仅没达到这个目的，反倒给自己埋下了灭亡的种子。打压反对势力虽然短期内有效巩固了统治，但长期来看却让知识分子和政权彻底闹翻了脸。陈胜吴广起义的时候，儒生们纷纷参加反秦斗争，连孔子的后代孔鲋也被卷进去最后死于战场。 这次焚书坑儒对中国历史造成了深远影响。大量的文献失传或者错乱流传到了今天。清朝的文字狱就是一个例子，揭示了思想专制主义给后世带来的灾难。很多朝代都效仿秦朝这种做法来销毁书籍和迫害知识分子。有学者提出中国之弱就在于赢秦焚书坑儒，认为这次事件给后世专制主义提供了可怕的模板，导致中国长期以来思想专制且影响了整个国家发展。