在清代，因为哲合忍耶的出现，清政府给予了严厉打压。苏四十三之乱平定后，清廷处决了几百名参与者。政府把男性分送到云南、广西等地，女性给发配到了新疆。这个举措明确了清政府把哲合忍耶定性为邪教。为了加强军事防线，清政府在甘肃增派了驻军，还拆除了新建的清真寺。阿訇和掌教也受到了限制，被乡约制度所约束。尽管清政府的措施让哲合忍耶陷入地下活动，但两年后，田五给这个教派带来了更大的风波。田五，原名田富，来自固原州盐茶厅（今宁夏海原），是马明心的弟子。田五与张文庆和马四娃已经准备了几年时间，打算在1784年夏收后发动起义。不过这个计划被泄露出去，田五提前在四月十五日发动起义。他率领新教徒攻克西安州营土堡（今宁夏海原县西20公里）。叛乱平定后，乾隆皇帝进行反思并调整政策。他开始放松对新教的打压，承认其合法性地位并缩小了打击范围。然而，哲合忍耶与老教派之间的矛盾仍然没有解决。随着清政府逐渐衰弱，未来的更大风波还在酝酿之中。 这个期间还有一个名叫张文庆的人，他是田五的盟友和回族人。张文庆来自甘肃通渭草芽沟。田五、张文庆、马四娃等计划在乾隆四十九年（1784年）夏收后发动起义。但是这个计划泄露了出去，教乡约李应得向官府告密了这件事情。所以田五提前发动了起义，把新教徒带到盐茶厅小山上揭竿而起并迅速攻克西安州营土堡（今宁夏海原县西20公里）。叛乱平定后乾隆皇帝进行深刻反思并调整政策给哲合忍耶赋予合法地位。同时他也命令福康安追查反政府分子时要避免伤及无辜。但是哲合忍耶和老教派之间的矛盾始终没有解决也没改善这样门宦之间明争暗斗依然不断进行着。随着清政府逐渐衰弱未来可能会有更大风波酝酿着发生。